Yayasan Waqaf Al Muhajirien Jakapermai, berkedudukan di Kota Bekasi, Propinsi Jawa Barat, Indonesia, didirikan pada tanggal 9 Agustus 1985 bertepatan dengan tanggal 22 Dzulqa’dah 1405H dengan nama Yayasan Pendidikan Islam Al Muhajirien Jakapermai. Yayasan merupakan hasil dari usaha untuk meningkatkan status hukum Majelis Ta’lim Al Muhajirien Jakapermai dari sebuah perkumpulan pengajian menjadi Badan Hukum Yayasan agar kegiatan-kegiatannya dapat bergerak lebih luas.

Yayasan ini mengadopsi penggunaan nama ‘WAQAF’ pada tahun 2006, sebagai penekanan bahwa yayasan ini adalah yayasan yang sebagian dananya diperoleh dari ‘Waqaf Ummat’ serta menekankan bahwa seluruh kekayaannya menjadi kekayaan milik ummat yang tidak dapat dibagikan kepada para pengelolanya.

Pendirian YW Al Muhajirien Jakapermai ditujukan untuk melaksanakan kegiatan-kegiatan Sosial, Keagamaan dan Kemanusiaan. Tujuan ini kemudian menjadi rujukan dalam merencanakan Program Kerja Pengurus YW Al Muhajirien Jakapermai di setiap periodisasi kepengurusan. Sementara, perincian maksud dan tujuan yayasan, yang tertuang dalam pasal 3 AD YW Al Muhajirien Jakapermai ini, antara lain, adalah sebagai berikut :

Dalam Bidang Sosial, yang meliputi : mendirikan dan membangun serta menyelenggarakan sekolah-sekolah, lembaga-lembaga pendidikan atau pesantren, mulai dari Kelompok Bermain, Taman-Kanak-kanak sampai dengan Perguruan Tinggi yang bernafaskan Islam maupun umum; menyelenggarakan sekolah bagi penderita lemah mental; memberikan bea siswa bagi pelajar dan mahasiswa yang kurang mampu; mengadakan kursus-kursus keterampilan serta sekolah kejuruan lainnya; menyediakan atau mengurus tempat penitipan anak berikut sarananya; mendirikan rumah yatim-piatu; melaksanakan kegiatan di bidang kesenian, olah raga, dan ilmu pengetahuan.
Dalam Bidang Keagamaan, yang meliputi : membangun dan memelihara sarana ibadah masjid, mushalla, asrama-asrama, pesantren; mengadakan pengajian-pengajian dan atau ceramah-ceramah dalam bidang keagamaan; menerima hibah, waqaf, zakat, infaq dan shadaqah; memelihara taman makam; penyelenggaraan Kelompok Bimbingan Ibadah Hají (KBIH).
Dalam Bidang Kemanusiaan, yang meliputi mendirikan rumah singgah; Pelayanan jenazah; dan Penampungan pengungsi.